經歷了動盪的明治維新，日本迎來新的時代。在明治政府第十個年頭，不祥的氣息瀰漫東京。惡德實業家武田觀柳（香川照之 飾）操縱女醫師高荷惠（蒼井優 飾）研製新型鴉片，公開招攬落魄武夫，大肆收購周邊土地，有條不紊地實現他的狼子野心。在此期間，以劊子手拔刀齋之名濫殺無辜的鵜堂刃衛（吉川晃司 飾）引起了前新選組頭目齋藤一（江口洋介 飾）的注意，也迫令隱姓埋名多年的拔刀齋本尊緋村劍心（佐藤健 飾）登場。寄居[展開全部]
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楊天淳與辛若蘭看戲回來之時發現有父母在苦尋自己失蹤的子女。楊天淳迅速找到京城衙門詢問情況。原來京城突然發生兒童失蹤案，因為失蹤的八個孩子都是富商子女，京城衙門最初以為是常見的綁架案，一直月餘也不見綁匪前來索要贖金。楊天淳結合各種線索發現綁匪竟然是最近京城聲名鶴起的“亂波幻術團”，“亂波幻術團”發請帖請各位富商帶孩子來看錶演，竟然在臺上眾目睽睽之下把孩子們都變沒了。粘杆處曾找到京城各個變戲法、魔術吃飯的手藝人詢問，這個幻術團表演手法均不是尋常的戲法、彩戲或魔術。當線索陷入困局之時，蔣子嬌突然來到百草堂告訴楊天淳一個噩耗！龍山寺被滅門了！蔣子嬌對楊天淳及若蘭述說了當然她所見所聞，她與山上小和尚衍空和尚下山化緣逃過了滅門慘案，化緣回來之後曾經見過行兇者的身形，竟然是扶桑來的忍者！蔣子嬌當時用遁形術逃過了忍者追殺，而小和尚衍空為了掩護蔣子嬌犧牲了。聽完蔣子嬌的述說楊天淳隨即動身快馬加鞭趕往龍山寺，楊天淳一行人來到了被滅門的龍山寺，綜合所有線索確定了忍者來次滅門的目的——為了龍山寺的武功秘籍，令人沒想到的事，忍者突然襲擊楊天淳一行人，並使用了幻術對付楊天淳，一番激鬥之下，忍者眾不敵楊天淳。楊天淳通過與忍者交手並結合在京城蒐集到的證據，確認了京城綁架案亦是忍者所為。這些忍者都是被德川幕府剿滅的伊賀流忍者的遺孀，為了向德川幕府復仇證明忍者們的價值，來到中國尋根問祖的，而當年傳下忍術的即是龍山寺東渡日本的被伊賀忍者奉為祖師的暗夜修羅，她們通過祖先及忍者頭目霧隠才蔵告訴她們的傳說，希望通過傳說抓取童男童女來煉成傳說中的式神，現在她們就差楊天淳的血液。楊天淳一行人為了引蛇出洞，回到了京城，納蘭索圖告訴他們從日本派來了一位專門對抗忍者的武士——河上彥齋，楊天淳與河上彥齋碰面之後，河上彥齋仔細的告訴楊天淳關於日本忍者的武藝、修習、歷史、所擅長的一切，並給楊天淳看了集忍術大成的秘籍《萬川集海》，德川幕府曾懼怕忍者，而武士們不齒忍者下三濫、不榮譽的所為，德川幕府下令剿滅伊賀忍者集團，而河上彥齋就是殺死這些女忍者丈夫的人。弄清一切之後，楊天淳、河上彥齋等人迎戰追蹤而來的忍者眾，在一片混戰之中，鐵猴子楊天淳準備變身對敵之時，河上彥齋竟然反身攻擊鐵猴子，把其制住逼入絕境，沒想到河上彥齋就是末代伊賀流忍者霧隠才蔵！霧隠才蔵一隻使用易容術化身河上彥齋，利用河上彥齋的身份弄清龍山寺傳人是誰，現在他得到了楊天淳的血液，在日蝕之下開始式神的召喚。日蝕過去，傳說中的式神終究沒有出現，若蘭趕來救下了鐵猴子，在楊天淳和辛若蘭的解密之下世間根本沒有式神這種怪力亂神的東西，復興伊賀的夢想破碎了的忍者們被鐵猴子打敗。鐵猴子成功解救了眾幼童。
進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）已經習慣了神穀道場的安寧生活。誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛，僥倖活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後，深感揹負不可推卸責任的劍心隻身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾），還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時，相樂左之助（青木崇高 飾）、神谷薫（武井咲 飾）、明神彌彥（大八木凱鬥 飾）、齋藤一（江口洋介 飾）也相繼趕往京都。陰雲密佈的時代，醞釀著一場席捲全國的風暴……本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。©豆瓣
為了救神谷薰（武井咲 飾），緋村劍心（佐藤健 飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治 飾）所救。深感到自身與志志雄真實（藤原龍也 飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文（小澤徵悅 飾）對劊子手拔刀齋發佈全國通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 飾）則匆匆向東京趕去。再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領四乃森蒼紫（伊勢谷友介 飾）的阻擊，他一路披荊斬棘，將迎來與宿命的對手志志雄最終的對決……本片根據和月伸宏的同名經典漫畫改編。©豆瓣
