在天下失序、列強割據的戰亂時代，僧人祥庵將一名孤兒從中國帶到了日本。孤兒名叫仔太郎，他揹負著一個驚人的秘密。與祥庵失散後，孤苦無依的仔太郎帶著愛犬飛丸前往赤池之國的萬覺寺，在途中遇見了神秘劍士“無名”

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的鉅變。在此之後，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（