2012年2月，東京鐵塔上空出現了巨大的數碼蛋。就在本宮大輔（20歲）和V仔獸修行拉麵技藝的時候，遇到了雖然拿著有裂紋的數碼器，但身邊沒有搭檔數碼獸的迷之青年——自稱“我沒有數碼獸，我的搭檔數碼獸被我

新世紀之初不久某年的夏天，為了與父親生活，逢澤步來到了距東京2小時火車車程的小鎮。步是不去上學的中學生。原因不明。似乎和什麼樣的理由都沾一點邊，但又不是那種理由。覺得無論走到哪、無論做什麼都無聊的步.

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾

看到搭檔望月芽心被有著玄內樣貌的神秘男人所傷，緬因貓獸再度開始暴走。“不能讓你誕生在世上…”從現實世界消失的緬因貓獸，正是歪曲本身。是擁有過於巨大力量的，毀滅世界的鑰匙——西島大吾以及出現在望月博士之

太一等人因為獅子獸的死產生了動搖，而光子郎則提議找出緬因貓獸被感染的真相。但作為緬因貓獸主人的芽心卻想不到為何緬因貓獸會被感染。為了防止其他數碼寶貝被感染，光子郎在辦公室建立了隔離區，然而巴達獸卻

世界的崩潰開始了。暴走的大緬因貓獸吸收了黑暗進化的迪路獸、用強大的力量進化成了秩序獸。根據世界樹的想法，現實世界將被數碼世界所吞噬。在絕望迫近的時候，被選中的孩子們拼命地向前。現在太一不在了，能代替他

2010年，曾經的小學生們已經步入大學，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和將會成長為22歲），而就在此時，數碼寶貝的研究者メノア(松岡茉優配音)卻告訴他們：“被選召的孩子們”長大成人

奧爾法獸事件過後，隨著時間流逝，御臺場地區也漸漸復興著。“回到日本之後，我就決定一定要去大大的澡堂泡澡！”因為美美這句話，加上為了歡迎新加入的夥伴芽心和緬因貓獸，大家前往附近的溫泉主題公園。雖然度

緬因貓獸的暴走，以及由此引發的重啟。留下苦惱的芽心，太一等人前往數碼世界。重逢的搭檔數碼寶貝們，失去了至今為止的全部記憶。即使如此也為了再次築起羈絆，而伸出手去的被選召的孩子們，與迴應此的

倉田紗南（小田靜枝配音）從小就進入劇團表演，以童星的身份出道，人氣十分了得。可是，即使是這樣的孩子也有著數不清的煩惱。班上名為羽山秋人（中崎達也配音）的男生帶頭反抗老師，使得班級陷入混亂之中，令紗南十