若竹瑪麗離開祖母，進入了海邊的全寄宿制名門女校就讀，在去學校的途中，她看到了一位佇立在鴿群中的少女。原來那位少女是入侵地球的艦隊艦長——萩乃。而此時的萩乃已經是學校里人人憧憬的學校幹部。　　這兩人

松田啟人（津村真琴 配音）是一個熱愛幻想的五年級男生，一次偶然中，啟人撿到了一張神奇的卡片，這張卡片將啟人帶往了生活著數碼獸的數碼世界，在那裡，啟人遇見了基爾獸，此時的他並不知道，基爾獸將會是他一生中