第二集中，尼奧（基努·裡維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷於昏迷，思想卻被困在介於“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋[展開全部]
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不久的將來，網絡黑客尼奧（基奴李維斯 飾）對這個看似正常的現實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），並見到了黑客組織的首領墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）。墨菲斯告訴他，現實世界其實是由一個名叫“母體”的計算機人工智能系統控制，人們就像他們飼養的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。 可是，救贖之路從來都不會一帆風順，到底哪裡才是真實的世界？如何才能打敗那些超人一樣的特勤？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國，程序和代碼歡迎大家的到來。.
故事講述工業革命後幾十個世紀，地球已經不再適合人類生存。人們為了適應惡劣的環境而不得不對自身進行物種基因改造。與此同時，為了擴展生存空間，一些勇敢的人類攜帶著人類科技的結晶，出發前往宇宙各處去尋找可以居住的星球。有一些人找到了新的生存地並繁衍生息，而另一些人卻永遠消失在宇宙深處。當年從地球出發的探險隊中有一支隊伍幸運地找到了適合生存的星球，這是一顆被水和植物覆蓋的溼地星球，人們將這顆行星命名為沼澤星，隨著時間的流逝，他們擁有了新的身體，新的面孔，甚至逐漸淡忘了自己是誰，進而衍變成為新的種族：蛙族人。
歷史總是異彩紛呈的，當初人類基因改造‘成就’了蛙族人，也‘成就’了另一批人類後裔－梯族人。殘暴的梯族人為了爭奪資源、居住地以及當初人類探險隊遺留的科技晶體碎片，對蛙族人的領地－－－MALO星系發動了入侵戰爭。突如其來的侵略打破了蛙族人和平美好的生活，蛙族人康和鋼獸本來是軍事學院的預備役學員，他們最大的志向就是駕駛AIU重裝機甲，成為蛙人國裡最顯赫的AIU戰士。隨著戰事益發吃緊，蛙族軍隊損失慘重，康和鋼獸這些預備役學員也不得不被派往太空，成為名副其實的AIU戰士。
為了提高蛙族的軍事科技水平，蛙族將軍莫迪冒險潛入梯族人的勢力領地，向星際海盜頭子魂魄虎購買了一份重要的信息芯片。就在即將完成交易之時，梯族人發現了他的蹤跡，並一路追擊至蛙族最後的領地－－－通往沼澤星的星際傳送門外。AIU戰隊隊長明天豪奉命帶領他的部隊迎接莫迪將軍安全返航，抱著必死的決心，明隊長帶領全體AIU戰士衝出傳送門，與早已埋伏好的梯族人展開了激烈的戰鬥，康和鋼獸以及其他戰友一直衝在最前方與敵人殊死搏鬥。就在蛙族部隊逐漸取得戰場優勢的時候，梯族將軍巫帝對勇猛的AIU戰士們發起了致命一擊，明天豪為解救戰友，不惜引爆了隨身攜帶的電磁脈衝彈，生死未卜。另一位AIU戰士大炮所駕駛的AIU也被巫帝擊毀，為了給隊長和大炮報仇，鋼獸毅然向比他強大得多的敵人發起了勇猛的進攻……
上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終於意識到自己的能力和使命，中彈復活後，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。 此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的複製能力，阻礙尼奧他們的行動。
