生活在孤兒院的小女孩蘇菲（魯比·巴恩希爾 Ruby Barnhill 飾）總是悶悶不樂。某天的凌晨三點，她獨自趴在窗口守望長夜，卻無意中見到一個身形巨大的巨人（馬克·裡朗斯 Mark Rylance

自2002年X檔案的六年後，前聯邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調任某教會醫院擔任醫師，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居