寇克等人作為嘉賓乘新企業號試航，途中收到救援任務……而在另一時空，索倫博士正陰謀毀滅星球，攻擊企業號。唯一能夠幫助新船長皮卡特來阻止索倫的，只有銷聲匿跡了78年的寇克船長。

寇克船長奉命最後一次指揮企業號宇宙飛船對抗外星人對地球的大規模攻擊，他召集舊部和新隊員執行任務，雙方展開了一場殊死戰鬥。第一部的前半部幾乎全是講科克船長召集舊部來執行任務，開場就是久違的企業號穿越太空