故事的背景設定在上世紀六十年代，主人公是兩個12歲的孩子，他們受夠了家裡人對自己的忽視，因此打算另找一對比較酷的新父母開始新的生活。

故事發生在第一部的四年之後，此時特警K（湯姆•李•瓊斯 飾）已經退休，成為一名普通的郵局局長，而J（威爾•史密斯 飾）則繼續從事MIB的工作。\n

威爾頓預備學院以其沉穩凝重的教學風格和較高的升學率聞名，作為其畢業班的學生，理想就是升入名校。新學期文學老師約翰·基汀（羅賓·威廉姆斯飾）的到來如同一陣春風，一反傳統名校的嚴肅刻板。基汀帶學生們在校史