西元2000年。在長野山中的九郎嶽，正在進行某座神秘遺跡的挖掘工作。當調査團將遺跡中的一具棺木開啟時，突然遭到奇異生物的襲擊而全數死亡。而在為了查出調査團被殺案件的線索，正在遺跡現場調査中的長野縣刑警

《假面騎士Kuuga》完結後EPISODE1－2再編集版，對部分鏡頭重新整理，並增加TV版時沒有的片段，同時配樂、配音和電腦特效的部分進行了新的製作，而且提升了畫質。