一個倒黴到家的少年野上良太郎，因為意外被不良少年們纏上，也因此無意間撿到了葉奈所遺失的通行證，路上又被異魔神悄悄附身。機緣巧合下良太郎打開了通往時間列車的門，並且遇上了列車員直美卻覺得沒有異狀....

本劇場版緊接TV版第27話。在27話良太郎一行人為了追蹤異魔神而回到過去，但他們卻不知道自己已經落入了牙王的圈套。當良太郎等人消滅完異魔神並想回到Den-Liner的時侯，卻發現Den-Liner已經