數千年後的未來，進入宇宙空間的人類，被分為銀河帝國與自由行星同盟這兩個擁有“專制政治”與“民主主義”兩種不同政治體制的國家。兩國之間的抗爭持續了150年，以無邊無際的廣袤銀河為舞臺，重複著無止境的戰鬥

名為武士之人尚還存在的江戶之世。 有一個人稱百人斬的【不死身】男人。 這個男人名叫「萬次」。 萬次，與父母被殺、立誓復仇的少女「凜」相遇了。 凜拜託萬次在自己的復仇之旅中做保鏢。

在世界各地旅行並收購販賣物品的旅行商人克拉福•勞倫斯在經過正在慶祝收穫節的帕斯羅村後離開，卻在自己堆滿麥束的貨車上發現了正在睡覺的少女。少女有狼的耳朵和尾巴，更有美麗的臉龐，她自報家門稱自己是掌管豐收

從前有位“光之巨人”，他負責保衛世界和平，對抗巨型怪物和外星人入侵的威脅。他就是機動奧特曼。他曾在執行任務時與科學考察隊員早田進建立起聯繫，並在使命完成後離開了地球。時至今日，人類已進入了繁榮時代，但

全世界被產業革命的波瀾推動，自近世變遷至近代之時，不死的怪物突然出現。被鋼鐵的皮膜包覆，只要心臟不被破壞就不會消滅，被它啃咬的人似乎也會在死過一次之後復生，並開始襲擊人類。之後被稱為卡巴內的這些怪物爆

在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裡又看到另一群孩子們拼命求生存的身

故事的舞臺是在戰爭中被破壞的基地殖民地、飄蕩著大量戰艦的殘骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是對ZEON公國要塞“A Bao A Qu”的補給道路，為了奪回宙域，地球連邦軍和ZEON公國展開了激