普通的上班族藤木戶健二，他的妻子在忍者鬥爭中喪命。在他瀕死之際，竟然被神秘的忍者靈魂附身了！撿回一命的藤木戶，從此成為“忍者終結者”，專門終結忍者，為了復仇而戰！以近未來都市新埼玉為舞臺，忍者殺手

椎名亞樹（喜多村英梨配音）因為外表的緣故，常常被人誤認為是女孩子，這讓他非常的苦惱，十分希望增加一些男子氣概。為了培養自己獨立生活的能力，升入初中後亞樹獨自前往東京，住進了春原莊，開始了一個人的生活。

現代忍者的故事。