和我們一起，繼續成長的物語。阿良良木歷的物語結束了。以地獄般的春假為開端，歷經各種因緣際會，阿良良木歷高中生活最後的一年結束了——原本是這麼想的。但就在畢業典禮結束的第二天早晨，發生了意想不到的事態。

——雖然很突然，但世界已經滅亡了。1000年前一度毀滅的地球，由名為“Y”的傳說中的時鐘技師以時鐘裝置再構築而成的世界。吊車尾高中生·見浦直人，與“Y”所留下的自動人偶琉珠，以及天才時鐘技師少女·瑪麗