在人類、妖怪、混沌三種勢力相互並存爭鬥的世界裡，伴隨著現實總數和負熵的崩潰。從傑巴沃克的迷宮中逃離的美少女箏，在持續追尋著“黑兔”的蹤影，另外還有各種各樣的人們跟箏一樣也在追尋著“黑兔”。在時間靜止的

進入21世紀已有近20年，在人們已忘記了妖怪存在的現代。科學無法解明的現象頻發，流言飛語散佈各處，大人們只能疲於奔命。希望想辦法解決這一情況而寫信給妖怪信箱的13歲少女·真奈的面前，隨著咔噠咔噠...

1999年，由於數碼世界資料異常增生，導致數碼世界和現實世界的連接發生紊亂。地球上相應地出現奇怪的自然現象：東南亞沒有下雨，池塘全部乾涸；中東卻因為連場大雨發生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。