《神獸金剛之青龍再現》延續《神獸金剛》系列動畫的故事背景，講述了神獸戰隊為保衛地球，與外星球黑暗勢力咒冥帝作戰的故事。一直覬覦地球水資源的咒冥帝，召喚出地球上的遠古巨獸——肥遺獸，發動了更大規模的掠奪

為了防止黑暗大帝破解封印，北斗星王在地球高僧的指引下發現了地球六隻神獸，用北斗星能量和技術製造了六隻神獸金剛，保護地球的和平與守護人間正義。