2044年的紐約，大反派朗格勾結外星惡勢力試圖毀滅地球，大量外星人通過神秘傳送門入侵，將城市化為灰燼。忍者神龜們雖負隅頑抗仍不敵敵人攻勢，死傷慘重。懷抱著忍者最強武器——希望，忍者神龜們決定回到過去時