某年的聖誕夜，大批民眾聚集到某棟大廈門外，抗議國家與庫贊共和國的純淨水合作計劃。與此同時，交通網絡以及相關電子系統遭到入侵而全面失靈，隨後更有維持治安的警察掏槍射擊抗議民眾。值此危急時刻，公安九課少校

現為公安九課少校的草薙素子（坂本真綾 配音），按照課長荒卷大輔（塾一久 配音）的指示外出調查運輸機被神秘並機的事件。結果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率領的武裝分子的襲擊。與此同時，遍佈全國的交通管

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圍繞所有生命起源地——神聖湖泊格蘭雷庫，阿德茲聯邦與託蘭王國展開了曠日持久的戰爭，徹底摧毀了這裡的祥和與寧靜。阿德茲聯邦野心勃勃，妄圖稱霸世界。在它強大武力的攻勢下，託蘭王國被逼上危險境地。關鍵時刻，