哥斯拉掉入三原山之後，日本過了5年平安的日子，但是自衛隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分製造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)，以及將之前與哥斯拉對戰時被摧毀的超級武器&