江戶時代某町，一下級武士不滿上級食言，遂揮刀砍死長官，引起一片混亂。事後，中年武士中村主水（藤田まこと 飾）成為代罪羔羊，遭到降職減薪處罰。不久，年輕俊美的長官奧田右京亮（真田広之 飾）走馬上任。與此

20歲的三田靜香（藥師丸博子飾）是一名熱愛表演的純真女孩，她經常到公園的無人露天劇場練習演技。為了參演劇團的新戲《W的悲劇》，靜香參加了主角的選拔考試，最終同期學員菊地香（高木美保飾）獲得出演主角摩子

哥斯拉掉入三原山之後，日本過了5年平安的日子，但是自衛隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分製造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)，以及將之前與哥斯拉對戰時被摧毀的超級武器&