一天，Festum突如其來襲擊了龍宮島被問及“你在那裡嗎…”的那一天起回溯到1年前。比總士、一騎等人高一年級的前輩將陵僚等人就讀的龍宮島中學，舉行了錯季的「畢業」典禮…。是的，那正是等待他們的命運之序

從各個方面看來，就讀於白城學院高中部的綾瀨裕人（羽多野涉配音）都是一個極其普通的男生。長相普通、成績普通、運動普通，甚至於對女孩子的品味也很普通。因此，當同班同學兼校園偶像的超完美大小姐乃木板春香（能

奈葉（田村由香裡配音）本是一位平凡的小學三年級女生，卻因為意外遇見了來自異世界的尤諾而成為了魔法少女，投入到了爭奪遺產的戰鬥之中。在上一次事件結束之後，奈葉告別了與之結下深厚友誼的菲特（水樹奈奈配音）

伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……

　　遙遠的未來——　　人類分裂成了以有人兵器Strain為主戰力（聯合）和以無人兵器Tomorrow為主戰力（帝國）的兩大陣營，從而開始了永無止息的戰鬥。　　現年16歲的セーラ·ウィーレック是聯合陣營