香港知名實業家周雷鋒（林偉哲 飾）真實身份是美國某販毒組織的骨幹成員。他因與組織離心離德而接連遭到暗殺，但是殺手無一例外都死在周的手中。無奈之下，總部聘請神秘的殺手“骷髏13”（千葉真一 飾）執行

　　第二次世界大戰末期，日本在華北戰場已顯頹勢。在某山谷中，日軍獨立第九十小分隊被困在此地，不得動彈。這支隊伍成員來自各個連隊，被人戲稱為“獨立愚連隊”。困於絕地的軍人們神情渙散，沮喪絕望。　　一天，

緋牡丹阿龍（富司純子 飾）修業途中落腳長州戶崎組，當她和當地農民慶祝豐收之時，高利貸放債人倉持（遠藤辰雄 飾）攪擾慶典，逼迫無錢還貸的農民交出穀物和土地。農民不得已求助戶崎組組長（水島道太郎 飾）。

四處雲遊修行的緋牡丹阿龍（藤純子 飾），偶然在上州伊香保捲入一場博徒間的毆鬥。阿龍出手幹預，由此惹上了當地的黑幫久保田組。賭場內，阿龍和久保田組劍拔弩張，多得來自武州熊谷的結城組組長菊太郎（鶴田浩二

　　經過生死考驗的新免武藏（三船敏郎 飾）在僧人澤庵（尾上九郎又兵衛 飾）的舉薦下侍奉大名，並更名宮本武藏。為了磨練意志和武藝，他離開等待自己的阿通（八千草薰 飾），四處雲遊挑戰強者。　　一路上打敗諸

　　宿命的相逢之後，佐佐木小次郎（鶴田浩二 飾）苦練技藝，一心打敗宮本武藏（三船敏郎 飾）。這之後，小次郎來至江戶謀求官職，期間與同在江戶的武藏邂逅，兩人約定東門決鬥。然決鬥前夜，武藏致信請求將決鬥延