長久以來，名為“荒魂”的魔物威脅著人類世界的安全，然而一物降一物，對抗荒魂，則要請出隨身攜帶著御刀的巫女們。她們隸屬於日本特別祭祀機動隊，是一群特殊的存在。平日裡，巫女們在學校中過著平凡的校園生活，然

一之瀨花名（近藤玲奈 配音）剛剛從初中畢業，即將來到新的學校開始美好的高中生活。花名的個性有些內向害羞，因此十分擔心自己在新的環境中是否能夠順利的交到朋友。離開了父母和熟悉的故鄉，花名來到了名為“手鞠

　　飛彈傷無（赤羽根健治 配音）表面看來是一個非常平凡的男孩子，在姐姐飛彈憐悧（衣川裡佳 配音）的安排下，他進入了戰略防衛學園阿塔拉克西亞學習，這裡生活的女孩們都擁有著各自的魔導裝甲，希望能夠通過學習

　　在距離地球非常遙遠的“星空界”中心，存在著聖域“星之神殿”以及十二星座的星之公主們，她們的力量維持著宇宙間的平衡。然而某天，星之公主們遭到不明人士襲擊，變成了12支“公主星光彩色筆”散落在宇宙中。

新世界、目覚めたのは、神か悪魔か——。　　すっかり廃墟と化してしまった超未來の練馬。その昔、光子力にまつわる大災害があったせいだと言われるが、詳細はおろか、その真偽さえも今はハッキリとわかってはいない

　　本作集結《Healin'Good♡光之美少女》《Star☆Twinkle 光之美少女》《擁抱！光之美少女》三作共13名光之美少女，了讓世界變成“永遠不會有明天”，裡弗雷進行了時間回退，每日